Si menor complejidad es sinónimo de mayor seguridad, podemos aventurar cuál de ambos servidores web es más seguro echando un vistazo a las siguientes imágenes, que muestran el gráfico de llamadas al sistema realizadas para servir una misma página:
Apache Web Server: llamadas al S.O. (Linux)
Microsoft IIS: llamadas al S.O. (Windows)